離子交換色譜柱兩個純化程序都在每根柱子每步進行后進行餾分質控分析。合并各組餾分，合并餾分平分為兩等分并通過Clarity脫鹽管。終的OD‘s 脫鹽后進行質控分析，檢測項目包括ESI，CE和傳導率。結果，Clarity Oligo-WAX的純度和分離度都比SOURCE 15Q好得多。Full length oligo 的回收率在SOURCE上略好一些，但這無法與Clarity Oligo-WAX 的高純度優勢相比。

　　離子交換色譜柱的使用特性：

　　1、常用于分離在水溶液中呈陽離子態的化合物；

　　2、B-SCX色譜柱能與水和有機溶劑兼容，可用甲醇、乙腈和水（包括緩沖鹽溶液）作流動相進行分析；

　　3、陽離子化合物的保留能力與流動相的pH、離子強度、流動相中有機相的比例以及溫度有關。通常離子強度越大保留時間越短，流動相中有機相的比例越大保留時間越長

　　4、檸檬酸鹽和磷酸鹽等緩沖鹽通常用于調整流動相的pH和離子強度以改善分離度。流動相的pH應該維持在pH?2.0~6.5；

　　5、陽離子柱的平衡時間相對C18而言較長。